東京・インディーズ時代 2003年春 - 中学3年生になると同時に上京し、アクターズスクール広島と業務提携している芸能事務所アミューズに所属。傘下の新人女性タレント育成プロジェクトBEE-HIVEの一員となり、表記を「ぱふゅ〜む」から「Perfume」へ改める。 2003年8月 - Perfumeとしての最初のシングル『スウィートドーナッツ』をBEE-HIVE レコードよりリリース。サウンドプロデューサーに capsule の中田ヤスタカを迎え、広島時代とは全く異なるテクノポップ路線に転換する。なお、インディーズ期は、全楽曲を木の子が作詞している。
2004年8月、「Cutie Pop Union '04 〜Summer〜」出演。テルミンやシンセドラム、ヴォコーダーなどの演奏に挑戦した。 2004年9月 - シングル『ビタミンドロップ』をリリース。同曲におけるアイドルを自嘲したとも解釈できる歌詞が、一部で話題になった。なお同曲をCMソングとした任天堂発売のゲームボーイアドバンス用ソフト「伝説のスタフィー3」のテーマソングも歌っている（音源未発売）
2004年10月 - 広島城秋まつりに出演[6]。 2005年夏 - 「打ち水大作戦!2005」出演にあわせて、「元祖アキバの女王」こと桃井はるこプロデュース作品『アキハバラブ』に参加[7][8]。その一方で、RHYMESTER宇多丸や掟ポルシェ、電撃ネットワークギュウゾウ、ミッツィーらによる日本語DJ集団申し訳ナイタズとたびたび競演していた。 2005年8月 - クラブイベント「J-POP Union vol.2」では、DJ として登場した大本が『ジューシーフレグランス』をプレイした。